旧金山的公交方式非常多元化：市政府的公交公司Muni运营巴士、无轨电车、有轨电车、地铁和缆车；旧金山湾区的BART地铁将旧金山和周边城市与机场连接；samTrans主要提供旧金山以南的公交服务。
Muni
旧金山的公交最早全部是有轨街车，由私人公司运营，后来市府成立了自己的公交公司Muni参与竞争，并最终兼并掉私人公司，统一了旧金山的公交系统。
旧金山的巴士和电车上司机不负责查票，另有查票员随机登车检查，但实际上很少机会遇到查票，所以很多人逃票。搭地铁则需要刷卡入站。
票价：
单程票标准价格2.5美元，现金付款3美元，可以使用120分钟，转车免费。现金付款别忘了保存付款收据（转车票）。
月票（含缆车）：81美元，如果要包括旧金山范围内BART的话则是98美元。
缆车单程票8美元。
手机应用一日票（不含缆车）：5美元，有效期至第二天凌晨2时
手机应用游客通票（含缆车）：1日票13美元，3日票31美元，7日票41美元。
付费方式：
不同的付费方式票价不一样，使用手机应用MuniMobile或公交卡Clipper Card票价最低，单程票2.5美元，使用现金或购买一次性地铁票则是3美元。
手机应用MuniMobile内可以买单程票（2.5美元）或者一日票（5美元），是最廉价的付款方式。手机应用内购买的车票有效期180天，而且一旦完成购买，可以离线操作使用。要注意的是，由于车票是存储于手机内的（所以可以离线使用），一旦卸载手机应用车票就消失了。如果你需要换手机，务必先在官网登录将未用车票转移到新手机上。
使用MuniMobile进入地铁站需要使用靠近工作人员窗口的那条通道，向工作人员出示电子车票进站。
Clipper Card是多个公交系统共用的公交卡，亦可在Muni系统使用，空卡价格3美元，单程票价2.5美元，但不能买5美元的一日票，只能买游客通票（含缆车），13美元起。月票就仅限Clipper Card卡用户购买。
现金只能买单程票，票价3美元。
旧金山的有轨电车和缆车都具有古早风情，缆车可以翻越陡坡，有轨电车则不适合爬坡。
BART：
BART地铁系统连接旧金山湾区多个城市以及旧金山机场和奥克兰机场，票价则非常昂贵。
BART的座位相当宽敞舒适，但又旧又脏。
搭乘BART可以用Clipper Card付费，一次性车票则要贵0.5美元。
MuniMobile仅限Muni的系统内使用，不能在BART使用。
samTrans：
主要是在旧金山以南的几个城市运营公交车，但292路从旧金山机场直达旧金山市区，是最廉价的机场交通，手机应用或现金付款单程票价2.25美元，Clipper Card付费2.05美元。使用手机应用或Clipper Card付费可享受2小时免费换乘。
Clipper Card其他优惠：
持Clipper Card搭乘samTrans较其他付费方式节省0.2美元，持Clipper Card搭乘旧金山公交Muni和BART单程票可节省0.5美元。
持Clipper Card搭乘Muni可享受夜间8：30以后无限免费换乘优惠，也就是夜间8：30-次日凌晨5：00之间仅需刷卡一次，之后切勿刷卡，否则还是会扣费。进地铁站时仅需向工作人员出示Clipper Card即可入内。
持Clipper Card搭乘BART在Daly City站出站可享受2次Muni单程优惠，仅限Daly City站的Muni巴士线路：14R、28、54和57，第一次优惠23小时内使用有效，第二次优惠24小时内使用有效。实际操作中每次都会被扣费，用户需要在21天后打客服电话索取退费（客服需要最多21天才能看到你的交易情况，虽然有时第二天就可以了），退款申请需要最多30天进行处理。