7月22日總統出訪班機回台後，在總統車隊內竟查出9800條免稅香菸，涉案的吳宗憲、張恒嘉等人隨即被帶走偵訊。
國安特勤人員利用這次總統出訪，走私免稅菸近萬條，引發軒然大波，交通部不滿事發多日華航「不動如山」，昨由次長王國材親自進駐華航調查並下通牒要華航今下午5時前說明，華航董事長謝世謙今日下午4時對外召開記者會，向外界致歉並公佈2014年至今專機菸品銷售情形，此次蔡總統「自由民主之旅」菸品總銷售數量10009條，其中預購為9274條，另外機上購買735條。
根據華航提供歷屆總統專機出訪購買菸品資料，2014年1月聖宏專案銷售288條、2014年7月興誼專案1768條、2015年7月久揚專案2973條、2016年3月久安專案3677條、2016年6月英翔專案342條、2017年10月南太平洋專案2242條、2018年4月非洲友邦專機2474條、2018年8月同慶專案4492條、2019年3月海洋民主之旅6856條、2019年7月自由民主之旅10009條。
謝世謙表示，整個專機免稅菸品作業裡面，其實都是依照正常業務執行，外傳華航高層開放後台系統讓專機人員訂購、高層協助打盤都不是事實，承辦人員就是一般人員。
謝世謙強調，涉及行政人員疏失、刑責部分，華航會坦然面對不會逃避，這幾天沒有湮滅證據，購買紀錄都存在沒辦法湮滅；對於責任承擔他個人身為董事長，已與航發會說明願負完全責任。
謝世謙表示，華航這次一如以往服務專機人員，有關免稅品作業，開放給旅客在網路上訂購，基本上所有的交易，都是在飛機上完成屬境外交易，不是在國內完成交易，沒有在國內完成刷卡的情況。
不過謝世謙也坦承，相關內控確實要再改善，所以華航未來類似專機服務，基本上不會再有機邊交貨問題，菸品部分不再開放起飛前預購，飛機上只有200個客人，原則上就是以1人1條為限帶上機銷售。
台灣總統蔡英文7月22日結束為期12天的友邦訪問返回台灣，卻遭立法委員指控，隨行的國家安全局人員涉嫌利用其專機和禮遇通關特權，走私超過9000條未稅煙品
蔡英文震怒下令嚴查，並立即取消出訪團行李免查的禮遇，國安局長彭勝竹當天請辭獲准。
國家安全局是台灣各情報機構的最高統籌機關，學者指出，事件突顯國家安全出現問題，並擔憂可能也會走私其他物品。軍事專家亦稱，特勤人員的金錢價值觀出現偏差，難保未來不會被更多的金錢誘惑、收買。
通關禮遇成走私渠道
台灣媒體報導，國安局少校侍衛官吳宗憲在蔡英文出訪前，就透過中華航空免稅品系統後台，預定了9200條香煙，存放在桃園機場華膳空廚的保稅倉庫，並在總統專機降落桃園機場，趁車隊入境時將5個貨櫃混入車隊，企圖透過國賓特殊禮遇通關，夾帶煙品入境。
該事件在台灣政壇及社會引發軒然大波，外界更指出，可能有華航高層涉入其中，台灣交通部是華航最大股東，間接掌控華航經營，若屬實將難逃行政責任。交通部長林佳龍要求負責總統專機任務的中華航空，全面展開行政調查並盡速交出報告，強調「究責無上限」，政務次長王國材要求25日下午5點前，華航必須對外說明。
目前當地調查機構已經展開調查，並收押國安局人員吳宗憲及張恆嘉兩人。此次走私煙品的數目共9800條，若換算成9.8萬包，以一包煙稅捐59.25元，則躲過了新台幣580萬元(人民幣128萬)的稅捐。
另外，台灣總統府則形容國安局特勤人員超量購滿免稅煙品是「長年陋習」，像是前總統馬英九出訪時，就曾發生類似情形。
台灣總統府指出，前總統李登輝時代以來就類似狀況，歷任總統陳水扁、馬英九都沒注意到。發言人丁允恭對媒體說：「包括總統上任之前，相關的行程就已經有類似行為，但是還是要跟大家報告，因為一切都要等我們調查更明確以後。」
不過，據各媒體統計，就是因為價差大，例任總統出訪，都有人鑽漏洞將未稅煙品偷帶入境。馬英九出訪，國安人員最初一次帶300條，逐年增加到卸任前是3677條，蔡英文則從2016年的342條，至這次的9800條煙品。
目前整起事件還在擴大調查中，台灣檢調單位也接獲，華航在歷次總統出訪期間，都會與國安局負責團購私煙的窗口接洽，提早1至2星期替國安局訂貨，等到總統班機出訪歸國，隨著通關禮遇夾帶入境。
國安局是什麼單位？
1955年成立的國家安全局是台灣主要的情報機構，涉及機密保護，主要進行統合各情報、策劃特種勤務兩大工作，系由總統及國家安全會議成員為主，分為三大部門：情報業務處、情報支援單位、中心。
如今傳出隨行出訪的國安人員涉嫌走私煙品，台灣師範大學政治學研究所、東亞學系教授范世平指出，這是國家安全問題，積非成是。他向BBC中文表示：「過去大家都認為沒有問題，但這次數量實在太多了。」
范世平解釋，這是政府內部控管問題，看起來不像是單純代購，國安局人員鑽漏洞，當然很令人擔心。他說：「今天走私的是香煙，看起來還好，但若未來運送毒品或槍械呢？」
他認為，最高情治單位出漏洞，對近期強調國家安全的蔡英文，在威信形像上一定有影響。
軍情與航空網站總編輯施孝瑋則從另一個角度看這起事件。他批評國安人員的專業用錯地方，偷帶煙品入境的數量實在太龐大，已經違法。不過他認為這並不會危害國家安全，因為大部分的煙品並未運上軍機，主要是「逃稅」，總統維安相對沒有太大影響。
他也懷疑為何有國安人員可以買那麼大量的免稅煙品，並質疑：「這是純粹個人所需，還是幫特定的政治團體或人物服務，需要查清楚。」
不過，他最擔心的是國安局人員的的金錢價值觀偏差，他說，若為了小錢都可以走偏路，被人收買，那有大錢的話，怎麼辦？「這需要相關單位重新教育，建立正確的價值觀。」